TVシリーズ「漆黒の特急ミステリートレイン」を軸に、灰原哀の過去と新規映像で再編した特別編集版。

科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保「コードネーム＝シェリー」は、工藤新一を幼児化させた神秘的な毒薬APTX（アポトキシン）4869を開発する。しかし、姉・明美を殺害したのが黒ずくめの組織だと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869 を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り身を隠していたが、しだいに、黒ずくめの組織が彼女に影を落とす。
組織の幹部、ジンと再会し、命を狙われた「黒ずくめの組織との再会」、バスジャックに遭遇した車内で組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した「謎めいた乗客」、豪華列車の中で窮地に追い詰められた「漆黒の特急（ミステリートレイン）」、 ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが。

公開：2023年1月6日
配給：東宝
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