ファンタジア国際映画祭最優秀長編アニメーション賞受賞等、様々な映画祭で高く評価されたSFストップモーションアニメ映画「JUNK HEAD」（2017年）に続く第2作。本作は、前作の世界観をさらに深化させ、1042年前の地下世界を舞台に描かれる失われた未来の物語。

遥か昔、人類は地上の生息域減少により地下開発を進めた。その労働力として人間に似せた人工生命体のマリガンを創造。しかし、マリガンは自らのクローンを増やして勢力を広め人類に反乱。第3次停戦協定から230年後の世界。人類は地上に留まり、地球規模に広がった地下世界をマリガンが支配していた。

地下世界に異変が起き、急遽、人間とマリガンによる地下世界の異変を探る調査チームが結成された。女性隊長トリス率いる人間チームと、クローンのオリジナルであるダンテ率いるマリガンチームは共に目的地である地下都市カープバールを目指すが、マリガンのカルト教団「ギュラ教」に襲撃される。彼らの標的は希少種とされる人間の女性＝トリス。しかしトリスにはロボットのロビンが護衛として帯同していた。

「ギュラ教」と戦い、調査を進めるが、圧倒的な戦力の差に苦戦を強いられる調査チーム。その激しい攻防の中で彼らは次元の〝歪み〟を発見する。そしてロビンはトリスを守るため次元を超えた作戦を計画するが…。