1980年に公開された劇場映画第3作「ヤマトよ永遠に」を原作に、新解釈を加えて全七章で再構成した「ヤマトよ永遠に REBEL3199」の第二章。

遂に、デザリアムの巨大移動要塞「グランドリバース」が新都湾岸部に降着した。地球を制圧したデザリアム・聖総統スカルダートは「われわれはあなたです」と人々に1000年に及ぶ歴史を説く。彼らは破滅へと向かう地球の未来を変えるため〝イスカンダルの欠片〟を探していた。驚くべきことに、彼らは敵ではなかったのである。一方、旧ヤマト艦隊クルーは、新生・宇宙戦艦ヤマトが待つイカロス天文台へと到達していた。しかし森雪を失った古代進は、失意のあまり指揮できる状態にはない。デザリアムのアルフォン少佐の手で、愛する雪が介抱されていたとは知る由もなく…。果たしてデザリアムとは何者なのか!?　その本当の目的とは!?