スペースコロニーの女子高生アマテ・ユズリハは、戦争難民の少女ニャアンと出会い、非合法モビルスーツ決闘競技「クランバトル」に巻き込まれる。GQuuuuuuX（ジークアクス）を操縦するアマテは「マチュ」と名乗ってバトルに参戦する。同じころ、アマテは宇宙軍と警察に追われていたモビルスーツ「ガンダム」とパイロット、シュウジと遭遇、世界が大きく動き始める。

テレビ放送に先駆けて、一部映像を劇場用に再編集。「エヴァンゲリオン」のカラーと「ガンダム」のサンライズが手を組んだ。