謎の薬売りの男が、人の情念や怨念が取り憑いたモノノ怪によって引き起こされる怪異を鎮めるため、諸国をめぐる物語。和紙テクスチャを活用し、絵巻物のような世界観の「劇場版モノノ怪 唐傘」（2024年）の続編となる劇場版第二章。

モノノ怪・唐傘との戦いから程なくして、再び大奥に現れた薬売り（神谷浩史）。その大奥内では、総取締役だった歌山の後任となった名家の出身・大友ボタン（戸松遥）が、規律と均衡を重んじて厳格な差配を振るう。その結果、天子の寵愛を一身に受ける御中臈・フキ（日笠陽子）との間に亀裂が生じ、両者の溝は深まるばかり。天子の正室である御台所の幸子が産んだ赤子の後見人選定が進む中、ボタンの父親である大友への忖度のため追い立てられた男たちの策謀がフキへと迫る。錯綜する思惑、やがて暴走する〝火消し〟の策略…。時を同じくして、人が燃え上がり、消し炭と化す人体発火事件が連続して発生する。モノノ怪の仕業とにらんだ薬売りは事態を収めようとするが、群れで行動し、神出鬼没の怪異に手を焼く。薬売りはモノノ怪を斬るため三様「形」・「真」・「理」を突き止めるべく大奥に巣食う闇へと足を踏み入れていく。