歴史修正主義者から歴史を守るため、刀剣男士たちが〝本能寺の変〟で織田信長や羽柴秀吉ら戦国武将と絡み、衝撃の結末を描いた前作「映画刀剣乱舞-継承-」（2019年）から4年。舞台を現代に移した本作。

西暦995年、藤原道長と安倍晴明の密談により、大江山に住まう鬼・酒呑童子の討伐を命じられた源頼光たちは、歴史修正主義者が放った時間遡行軍に行く手を阻まれる。三日月宗近ら歴史を守るべく戦う刀剣男士たちが窮地を救うが、山姥切国広は、酒呑童子の最期の呪いを受け、姿を消してしまう。
西暦2012年東京。下校途中の琴音の前に一振りの太刀が現れる。導かれるままに口にした名は「三日月宗近」。一方、日本各都市では市民が突如意識を失う事件が多発する。この事態を解決すべく、時の政府から遣わされた刀剣男士・山姥切長義が内閣官房国家安全保障局に出現。事態との関与が疑われる山姥切国広の確保を始めとする 〝特命任務〟の要請に応じ、各本丸より続々と刀剣男士が集結する。

主人公、三日月宗近役の鈴木拡樹、山姥切国広役・荒牧慶彦、へし切長谷部役・和田雅成、骨喰藤四郎役・定本楓馬らが前作に続いて出演。舞台でも同じ役を演じている山姥切長義役・梅津瑞樹、堀川国広役・小西詠斗、一期一振役・ 本田礼生、小烏丸役・玉城裕規が参加、さらに、髭切役・佐藤たかみち、膝丸役・山本涼介ら新たなメンバーも加わった。現代での戦いを手助けする〝仮の主〟役を、秋田汐梨、柳美稀、飛永翼、堀内正美らが務め、中山咲月は酒呑童子を演じる。

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