最初の受賞者は手塚治虫   　独自のアニメ技法を追求し世界的に知られた大藤信郎が１９６１年７月２８日、６１歳で死去した。１８歳で日本アニメの始祖の一人、幸内（こううち）純一に弟子入り。１７年に下川凹天（おうてん）が日本初のアニメを発表した１年後だ。大藤は千代紙や色セロハンを使ったアニメを考案し、５３年「くじら」が仏カンヌ国際映画祭で絶賛されるなど国外でも知られた。しかし商業的成功は得られず、姉八重に物心両面で支えられ、生涯、個人製作を続けた。その功績から第１６回（６１年度）毎日映画コンクールで特別賞を贈られる。

大藤は晩年「困難なアニメ製作者の励みになる賞を作りたい」と語っていた。受賞を機に６２年、八重は毎日映コンと相談、「大藤信郎賞」新設が決まる。実験的なアニメの作り手を選び、八重が寄贈した大藤の遺産を基金に、賞金とトロフィーを贈ることになった。選考委員には岡本太郎も加わり、第１７回で最初の受賞者に手塚治虫が選ばれた。漫画連載などで得た資金でアニメ製作に取り組み、「ある街角の物語」を完成させていた。

大藤賞はアニメに光を当てた唯一の賞で、この後、和田誠や久里洋二らの実験的作品が並ぶ。テレビアニメの増加に伴って劇場公開されるアニメも増え、密度の濃い意欲作が増えていく。流れを変えたのが、宮崎駿監督だった。第３４回「ルパン三世　カリオストロの城」が、商業映画として初めて大藤賞を受賞。第４３回には宮崎監督の「となりのトトロ」が大藤賞と日本映画大賞を同時受賞する。これを機に、第４４回からアニメーション映画賞が設定され、大藤賞で先駆的な試みに光を当て、アニメ映画賞で作品全体の完成度などを評価することになった。

もっとも、第６８回「かぐや姫の物語」でアニメ映画賞を受賞した高畑勲は、「大藤賞が欲しかった」と慨嘆した。大藤の存在感は、今も大きい。