第二次世界大戦後、復員兵フレディ・クエル（ホアキン・フェニックス）は、密航した船で新興宗教「ザ・コース」の教祖ランカスター・ドッド（フィリップ・シーモア・ホフマン）と出会い、以後教団の活動に加わることになる。