IMFのエージェント、イーサン・ハントは謎の多国籍スパイ組織（シンジケート）を秘密裏に追跡していたが、催涙ガスによって敵の手に落ちてしまう。目覚めると後ろ手に拘束されており、目の前には謎の女と、3年前に死亡していたはずのエージェントがいた。まさに拷問が始まろうとしたその時、女は驚くべき格闘術でイーサンを脱出させる。ブラントからIMF解体を知らされたイーサンはシンジケートの殲滅（せんめつ）を誓うのだが、彼は国際手配の身となっていた‥‥‥。

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