ジョーンズの元を訪れた青年マットは、南米で行方不明になった彼の母親とジョーンズの旧友オックスリーを捜してくれと依頼する。2人は古代文明が残したクリスタル・スカルを持って、ペルーにあるという黄金都市アケトーに向かっていた。クリスタル・スカルをアケトーの宮殿に戻した者は、偉大な力を手にできるという。一方、〝力〟を手に入れようとたくらむソビエト連邦のスパイ、スパルコ大佐の一味がジョーンズの前に現れる。

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