指令を受けて東欧に潜入した極秘スパイ組織IMFのエージェントたち。しかし作戦は敵側に筒抜けで、辛くも逃げ延びたイーサン・ハント以外のメンバーはほとんど殺されてしまう。何者かが自分を裏切り者に仕立て上げようとしていることを知ったイーサンは、陰謀を暴くべく新たなミッションに挑む。

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